Linq для разделения / анализа подстрок

    Dim r = input.Where(Function(e, i) i = input.Count - 1 OrElse Not input(i + 1).StartsWith(e + ".")).ToList()

Условие в методе Where проверяет, является ли элемент последним от ввода или за ним не следует элемент, содержащий текущий.

В этом решении используется тот факт, что ввод - List(Of String), поэтому Count и input(i+1) доступны в O(1) время.

LINQ здесь не совсем правильный подход, потому что вам нужно получить доступ к более чем одному элементу одновременно.

Я бы сказал что-то вроде этого:

public static IEnumerable<string> Filter(this IEnumerable<string> source)
{
    string previous = null;
    foreach(var current in source)
    {
        if(previous != null && !current.Contains(previous))
            yield return previous;
        previous = current;
    }
    yield return previous;
}

Использование:

var result = strings.Filter();

Довольно простой. Попробуй это:

var lst = new List<string> { /*...*/ };

var sorted =
    from item in lst
    where lst.Last() == item || !lst[lst.IndexOf(item) + 1].Contains(item)
    select item;

следующая простая строка может помочь, я не уверен в стоимости производительности через

        List<string> someStuff = new List<string>();
        //Code to the strings here, code not added for brewity
        IEnumerable<string> result = someStuff.Where(s => someStuff.Count(x => x.StartsWith(s)) == 1);